Le Québec doit rapidement intensifier ses efforts pour traquer la progression du variant britannique du SARS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19, et s’assurer, ce faisant, qu’il ne risque pas d’entraîner une nouvelle vague de cas dans les prochains mois, préviennent des experts en santé publique.

Pour l’heure, la province manque d’informations précises à ce sujet, puisqu’environ 3 % des échantillons positifs recueillis depuis le début de la pandémie, soit 7000 sur 250 000, ont fait l’objet d’un séquençage génomique pour identifier des mutations problématiques, alors que les pays les plus zélés en analysent proportionnellement 10, voire 20 fois plus.

Le Danemark a notamment décidé il y a quelques semaines de séquencer plus de 75 % des nouveaux échantillons positifs, contre 11 % avant Noël. Les chercheurs ont mis en relief du même coup le fait que le variant britannique, plus contagieux, se propageait activement dans le pays, une réalité « cachée » par le fait que le nombre total de cas d’infection, tous variants confondus, est en baisse.

Benoît Mâsse, professeur à l’École de santé publique de l’Université de Montréal, pense que les autorités québécoises ont très peu de chances, en séquençant 3 % des échantillons positifs, de détecter efficacement les variants importants et de mesurer leur progression.

« Il est difficile de croire qu’on va échapper au variant britannique », prévient l’analyste, qui le compare à la carpe asiatique, poisson envahissant « qui finit toujours par tout dominer ».

Mesures à prendre

Sans aller jusqu’à copier purement et simplement le Danemark, le spécialiste pense que le Québec devrait envisager de séquencer un nombre beaucoup plus élevé de cas positifs pour une période limitée dans le temps afin d’avoir une meilleure idée de la situation.

Les autorités devraient par ailleurs éviter, « par mesure de précaution », d’envisager de lever le confinement tant que la question ne sera pas éclaircie, dit-il.

La province, ajoute M. Mâsse, devrait par ailleurs intensifier la campagne de vaccination autant que possible pour tenter de « prendre de vitesse » le virus et d’éviter que des variants avec des caractéristiques inquiétantes ne puissent s’imposer.

Alain Lamarre, spécialiste en immunologie à l’Institut national de la recherche scientifique (INRS), pense aussi que le taux de séquençage actuel est insuffisant pour identifier les mutations problématiques et peut faire en sorte « qu’on passe à côté de choses significatives ».

Le taux d’échantillons positifs faisant l’objet d’un séquençage génomique varie largement d’un pays à l’autre. Il atteint près de 60 % en Australie, 50 % en Nouvelle-Zélande, où le virus est largement sous contrôle, et tombe à seulement 0,3 % aux États-Unis, selon une récente compilation du Washington Post. La majorité des pays sont sous la barre de 15 %.

Au Québec, le séquençage génomique est chapeauté par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) en collaboration avec le Centre de génomique de l’université McGill et Génome Québec.

Surveillance « insuffisante »

Le Dr Michel Roger, directeur médical du LSPQ, a indiqué mardi que les 7000 échantillons positifs séquencés depuis le début de la pandémie avaient été étudiés notamment pour détecter le variant britannique, qui serait apparu outremer en septembre.

La province, dit-il, n’a détecté à ce jour que six cas de ce variant, ce qui ne semble pas suggérer que sa propagation est actuellement « très préoccupante » au Québec.

La surveillance est néanmoins « insuffisante » et va bientôt être élargie en vue de pouvoir séquencer 10 % des échantillons positifs, explique le Dr Roger, qui s’attend à ce que ce seuil devienne sous peu la norme à l’échelle canadienne.

Il précise que des populations plus à risque, y compris des voyageurs qui reviennent de l’étranger ou encore des personnes touchées par de fortes éclosions, seront visées pour augmenter la probabilité de trouver des cas.

Le directeur médical s’est dit surpris du taux de séquençage ciblé au Danemark depuis quelques semaines. « Wow ! Ils sont riches ! », a-t-il dit spontanément en relevant que le Québec n’avait pas la capacité requise pour viser un tel seuil.

M. Lamarre convient que la province n’a pas les moyens d’emboîter le pas au Danemark, qui enregistre environ 700 nouveaux cas par jour à l’heure actuelle. Le professeur de l’INRS pense cependant qu’il est réaliste d’espérer un portrait raisonnablement détaillé de la propagation des variants en séquençant, avec une approche ciblée, 10 % des échantillons positifs.

Un variant menaçant

Camilla Holten Møller, spécialiste en modélisation épidémiologique du Statens Serum Institut, à Copenhague, a indiqué mardi que la proportion de nouvelles infections imputées au variant britannique par les autorités danoises depuis l’intensification du séquençage au début de l’année était passée, sur une période de trois semaines, de 2 à 12 %. Et les autorités s’attendent à ce que ce variant devienne la souche dominante d’ici le début du mois de mars.

« C’est difficile de faire comprendre la situation au public. On peut avoir l’impression que les choses vont bien parce que le nombre total de cas baisse, mais cette analyse néglige le fait que le variant, lui, poursuit sa progression à l’arrière-plan » et pourrait mener à une nouvelle vague de cas, explique la chercheuse.

La situation est d’autant plus préoccupante, indique Mme Holten Møller, que le gouvernement danois a resserré les restrictions sanitaires en place au retour des Fêtes sans réussir pour autant à endiguer complètement sa progression.

L’impact potentiel du variant britannique, qui serait entre 40 et 80 % plus contagieux que la souche la plus répandue du virus selon diverses études, devrait convaincre la plupart des pays aux prises avec la pandémie de COVID-19 d’intensifier leurs efforts de séquençage pour déceler rapidement et surveiller tout mutation problématique, note Mme Holten Møller.

Des chercheurs de l’Université Simon Fraser ont prévenu plus tôt cette semaine que le Canada pourrait atteindre 15 000 cas par jour à la mi-mars, contre 5000 actuellement, si un variant ayant un taux de transmission 40 % plus élevé que la souche dominante actuelle s’établit au Canada.

Le variant britannique s’étend à 70 pays

Le nombre de pays et de territoires où se trouve dorénavant le variant britannique du coronavirus s’élevait à 70 le 25 janvier, dont le Canada, soit 10 de plus que le 19 janvier, a annoncé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) mercredi. Le variant sud-africain, qui, comme le britannique, est beaucoup plus contagieux que ne l’était le SARS-CoV-2 originellement, poursuit aussi sa propagation et est désormais présent dans 31 pays et territoires, soit dans 8 pays de plus, détaille l’OMS dans sa revue épidémiologique hebdomadaire. Des cas ont notamment été trouvés dans trois provinces canadiennes, mais pas encore au Québec. Des études sont en cours partout dans le monde pour déterminer les raisons de la plus forte contagiosité du variant britannique, mais l’incertitude règne encore quant à son niveau de dangerosité. En France, un cas de COVID-19 sur dix actuellement détectés pourrait être dû au variant anglais du coronavirus, selon des estimations données mercredi par le gouvernement.

— D’après l’Agence France-Presse